lovlige anvendelse kunne fortsætte uantastet. Forbuddet omfattede kun handlinger på eller i umiddelbar nærhed af de beskyttede naturtyper, hvorfor påvirkning fra andre kilder som fx baggrundsforurening vil ændre tilstanden, hvortil kom naturens egen dynamik.
Den indbyggede modsigelse ved i lov at forbyde at ændre tilstanden i noget, der ændrer sig, gav ikke nævneværdige problemer i 1980’erne, hvor forbuddet primært skulle hindre, at landmænd opfyldte større søer og moser. Efterhånden som forbuddet mod tilstandsændringer blev udvidet til andre naturtyper som enge og biologiske overdrev, og reglen omfatter mindre arealer, har de indbyggede modsigelser givet anledning til et voksende antal klagenævnssager og retssager. Denne tendens er yderligere blevet forstærket de sidste ca. 10 år, hvilket muligvis skyldes myndighedernes øgede brug af gamle luftfotos for at se, om der mange år tilbage var en beskyttet naturtype på nu opdyrkede arealer.
Selv om § 3’s forbud mod at foretage ændringer i tilstanden i beskyttede naturtyper er 40 år gammelt er det først i de senere år, at reglen har givet anledning til et større antal klage- og retssager, der for de fleste handler om, hvorvidt § 3 er overtrådt, dvs. retsfaktum i § 3.
Væksten i retssager om § 3’s anvendelse kan illustreres af lidt statistik. Der er afsagt 7 Højesteretsdomme, der på forskellig vis vedrørte, om § 3 var overtrådt. 13931393. U 2001.1278 H, U 2006.1539 H, U 2006.3302 H, U 2011.1241 H, U 2012.1151 H, U 2017.1834 H og U 2018.137 H. Samme tema har været genstand for 24 landsretsdomme, hvoraf 11 er afsagt siden 2014, og hvor fire af sagerne endte med, at myndighederne blev underkendt (MAD 2015.233 V, MAD 2016.146 V, MAD 2016.470 V, og MAD 2017.229 V), mens de syv endte med, at myndighederne fik medhold. 13941394. MAD 2014.397 V, MAD 2014.399 V, MAD 2015.235. V, MAD 2016.93 V, MAD 2016.140 V og MAD 2016.472 V. Uklarheden om retsfaktum illustreres på sin egen måde af, at Vestre Landsret i straffesagen i MAD 2016.146 V underkendte landsrettens egen fortolkning af § 3 i tidligere dom i den civile sag om samme forhold (MAD 2015.235 V). Til disse sager kan tilføjes landsrettens kendelse i MAD 2016.465 VLK, der drejede sig om, hvem der kunne udmeldes som syn og skønsmand i retssag om, hvorvidt en lokalitet var omfattet af § 3. Udmelding af syn og skøn er således blevet et (nyt) tema i retssager om § 3-overtrædelser, efter byretterne i MAD 2013.941 B og MAD 2015.24 B på grundlag af skønserklæring underkendte Natur- og Miljøklagenævnets stadfæstelse af, at lokalitet var omfattet af § 3. De anførte retssager udgør kun toppen af isbjerget og suppleres af en del byretsdomme samt omkring tusind klagesager vedrørende § 3 siden 2010 ved Natur- og Miljøklagenævnet og siden 1. februar 2017 ved Miljø- og Fødevareklagenævnet.